Outra finalidade importante do pranayama é controlar as flutuações do pensamento. Cada vez que pensamos colocamos em movimento matéria mental. A mente pode intencionalmente ou não, influenciar o padrão do corpo de energia. A mente positiva constrói e a mente negativa destrói. Um pensamento pode provoca vibrações no astral, afetando a matéria etérica, produzindo vibrações, agindo sobre o plano físico e as pessoas. Pessoas com conhecimento esotérico incentivam mulheres grávidas a ouvir musicas harmoniosas, ver coisas belas, pensar positivamente e evitar chateações para não afetarem os bebês.
O Pranayama também tem uma atuação extremamente benéfica no corpo emocional, corpo que aloja nossas emoções e desejos. Emoções e sentimentos descontrolados e reprimidos, como irritação, raiva, preocupação, frustrações prolongadas exercem terríveis efeitos sobre o corpo bioplsmático, pois tiram a vitalidade deixando o corpo suscetível a doenças no corpo físico.É como um sistema telegráfico, que emite sinais do plano sutil para o plano físico e material.
Respiração insuficiente, pouca ingestão de água, desnutrição, poluentes, toxinas, falta de exercício físico são um dos fatores que ajudam a bloquear os meridianos, causando depleção e congestão de ki, mau funcionamento dos chakras e outros distúrbios.
Como exemplo uma pessoa que guarde raiva dentro de si, causando congestão de ki ao redor do chakra do plexo solar, com o tempo essa congestão também acontece no chakra cardíaco ela provavelmente terá problemas no coração.